現代ネットワークとともに発生･発展していった仮想空間デジタルワールドでは、ホストコンピュータ｢イグドラシル｣が世界のすべてを管理しており、デジタル生命体である「デジモン」が誕生していた。
しかし、デジモンの個体数の増加と共にデジタルワールドはパンク寸前の状態となっていった。
そのため、イグドラシルは旧デジタルワールドを消去し、新デジタルワールドを創るためすべてのデジモンを消去する「Xプログラム」を発動させた。